访学期间，吴琦教授在John A Morgan教授实验室开展了植物次生代谢物质的合成生物学研究。该研究采用密码子优化技术和基因共表达技术，利用大肠杆菌分别合成了具有重要药用价值的柚皮素，以及广泛用于食品和化妆品的香草醛。同时，参加了各种相关学术报告会，全程学习了公共选修课《Introduction to Biochemistry》和专业课《Metabolism》等课程。此外，吴琦教授还指导校内学生发表SCI论文2篇、CSCD论文4篇，副主编“十二五”规划教材1本。